由於我國現有各地方排污許可證存在許可內容不統一、許可要求不統一、許可規範不統一等問題，而本次改革的目標之一就是要統一規範管理全國排污許可證，實現企業和地區之間的公平。因此，依據地方性法規核發的排污許可證仍然有效。對於依據地方政府規章等核發的排污許可證，持證企事業單位和其他生産經營者應按排版污許可分類管理名錄的時間要求，向具有核發許可權的機關申請核發排污許可證。核發機關應當在國家排污許可證管理資訊平臺填報數據，獲取排污許可證編碼，換發新的全國統一的排污許可證，從而納入新系統進行管理。如果不能滿足最新的許可要求，則應當要求企業在規定時間內向核發機關申請變更排污許可證。