環保部門在核發許可證之前應結合管理要求和政府部門掌握的情況，對申請材料進行認真審核。審核主要包括以下幾個方面：一是申請排污許可證的企事業單位的生産工藝和産品不屬於國家或地方政府明確規定予以淘汰或取締的；二是申請的企業不應位於飲用水水源保護區等法律法規明確規定禁止建設區域內；三是有符合國家或地方要求的污染防治設施或污染物處理能力；四是申請的排放濃度符合國家或地方規定的相關標準和要求，排放量符合相關要求，對新改擴建項目的排污單位，還應滿足環境影響評價文件及其批復的相關要求；五是排污口設置符合國家或地方的要求等。

企業提交的排污許可申請材料和守法承諾書是環保部門核發排污許可證的主要依據，《實施方案》明確提出企業應對申請材料的真實性、合法性、完整性負法律責任。環保部門對於申請材料完整、符合要求的企業，直接依法核發許可證。此外，核發的排污許可證是企業排放污染物的“天花板”，是企業守法的最基本要求，滿足這些要求是企業基本的法定義務，這也是排污許可證作為企業守法、政府執法、公眾監督依據的由來。換言之，對於應當承擔的環保責任完全相同的兩個企業，不論實際排放情況如何，排污許可證核定的排放量和管理要求將會是一致的。《方案》同時還規定了，對於申請材料存在疑問、企業環境信用不好、有環境舉報投訴等情況的，環保部門可開展現場核查。