實施綜合許可，是指將一個企業或者排污單位的污染物排放許可在一個排污許可證集中規定，現階段主要包括大氣和水污染物。這一方面是為了更好地減輕企業負擔，減少行政審批數量；另一方面是避免為了單純降低某一類污染物排放而導致污染轉移。環保部門應當加大綜合協調，充分運用資訊化手段，做好不同環境要素的綜合許可。

一證式管理既指大氣和水等要素的環境管理在一個許可證中綜合體現，也指大氣和水等污染物的達標排放、總量控制等各項環境管理要求；新增污染源環境影響評價各項要求以及其他企事業單位應當承擔的污染物排放的責任和義務均應當在許可證中規定，企業守法、部門執法和社會公眾監督也都應當以此為主要或者基本依據。