承擔廈門市行政區域內屬於省級考核事權的生態環境品質監測工作；按要求做好重點污染源監督性監測、環境應急監測和預測預報等工作的技術支援；承擔九龍江流域內跨設區市河流斷面水環境監測品質控制、資訊匯總、綜合分析等技術工作；負責省內近岸海域的生態環境監測；根據國家、省的要求開展駐地市空氣品質預報，負責完成資訊發佈。