1993年3月，浦東新區環境監測站在原川沙縣環境監測站的基礎上成立。2010年4月，原南匯區環境監測站整體劃入，5月實現合署辦公。現行政上隸屬於浦東新區環境保護和市容衛生管理局，業務上受上海市環境監測中心指導，是一家全額撥款的科學技術型事業單位。目前，為副處級國家環境監測二級站。

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