蒼南縣環境監測站成立於1983年，于2004年12月第一次通過計量認證，2012年通過環境監測站標準化建設，經換證復審、擴項評審和多次的品質體系檢查，具有較完善的品質管理體系，有向社會提供公正、可靠的監測數據的能力。擁有實驗室面積600平方米，監測儀器設備140余件，包括氣相色譜儀、原子吸收光度計、環境空氣和水質自動監測系統等多种先進儀器。主要承擔蒼南縣地表水、環境空氣、噪聲、排污企業廢水廢氣、重點污染源監測、污染糾紛和污染事故應急監測等。