福建省高度重視第二次全國污染源普查工作，省政府2016年12月印發《關於做好第二次全國污染源普查的通知》，成立了以常務副省長為組長的省第二次全國污染源普查領導小組，並結合實際，將省海洋與漁業廳增列為領導小組成員單位。

　　2017年1月，福建省環保廳黨組專題研究了省第二次全國污染源普查工作辦公室成立有關事宜，決定從廳機關及環科院、監測站、資訊中心等直屬單位抽調人員，專門從事污染源普查工作。3月，福建省普查辦正式成立。省普查辦以部分參與過第一次普查、有豐富經驗的同志為骨幹，同時吸納了環境統計、資訊開發應用等專業技術人員，為普查工作做好人員保障。

　　目前，福建省普查辦已實現集中辦公，各項準備工作正在穩步推進。