9月1日，環境保護部發佈《建設項目危險廢物環境影響評價指南》，自2017年10月1日起施行。

　　9月4日，針對9月3日朝鮮第六次核子試驗，環境保護部啟動二級應急響應。監測結果表明，此次朝鮮核子試驗未對我國環境和公眾造成影響。

　　9月5日，環境保護部部長李幹傑主持召開環境保護部全面深化改革領導小組2017年第4次全體會議，認真學習習近平總書記有關全面深化改革的重要講話精神，聽取並原則同意省以下環保機構監測監察執法垂直管理制度改革試點工作總結評估報告，以及在京津冀及周邊地區開展跨地區環保機構試點籌備組建工作方案。環境保護部副部長黃潤秋、翟青、趙英民，中央紀委駐環境保護部紀檢組組長吳海英出席會議。環境保護部機關各部門主要負責同志參加會議。

　　9月6日，環境保護部部長李幹傑在北京會見以色列環境保護部部長澤埃夫·艾爾金先生，雙方就共同關心的問題交換意見。

　　9月7日，環境保護部部長李幹傑在北京會見《生物多樣性公約》執行秘書克裏斯蒂娜·帕斯卡·帕梅爾女士，雙方就共同關心的問題交換意見。

　　中央紀委駐環境保護部紀檢組組長吳海英到環境保護部大氣司調研，並針對落實黨風廉政建設“兩個責任”同領導班子成員和支部委員進行集體約談。

　　9月12日，國務院辦公廳印發《第二次全國污染源普查方案》。

　　環境保護部和聯合國環境規劃署主辦的《關於消耗臭氧層物質的蒙特利爾議定書》締結30週年紀念大會在北京召開。環境保護部部長李幹傑出席會議並宣讀李克強總理賀信，聯合國環境規劃署執行主任埃裏克·索爾海姆先生等出席大會並致辭。

　　第十四屆中國-東盟博覽會、中國-東盟商務與投資峰會在廣西南寧開幕。環境保護部副部長趙英民出席開幕式，參觀“2017中國-東盟國際環保展”。

　　環境保護部批准《排污許可證申請與核發技術規範 電鍍工業》、《排污許可證申請與核發技術規範 玻璃工業-平板玻璃》為國家環境保護標準，自發佈之日起實施。

　　9月13日，環境保護部在北京舉辦培訓班，部署京津冀及周邊地區2017—2018年秋冬季大氣污染綜合治理攻堅行動巡查工作。環境保護部部長李幹傑，中央紀委駐環境保護部紀檢組組長吳海英出席培訓班並講話。環境保護部副部長翟青主持培訓班。環境保護部有關司局、派出機構和直屬單位主要負責同志以及部分參與巡查人員參加培訓。

　　第15次東盟—中日韓環境部長會議在汶萊首都斯裏巴加灣召開。環境保護部副部長黃潤秋率團出席會議並致辭。

　　環境保護部副部長趙英民在北京會見歐盟環境總司司長丹尼爾·伽列禾，雙方就共同關心的問題交換意見。

　　9月14日，環境保護部部長李幹傑主持召開大氣重污染成因與治理攻關領導小組第二次會議暨攻關項目啟動大會並講話。科技部、農業部、衛生計生委、中國科學院、中國氣象局等有關負責同志，北京、天津、河北、山西、山東、河南環境保護廳（局）負責同志，攻關總體專家組、課題負責人、跟蹤研究工作組負責人等參加會議。

　　環境保護部批准《排污許可證申請與核發技術規範 煉焦化學工業》為國家環境保護標準，自發佈之日起實施。

　　9月18日，環境保護部部長李幹傑主持召開環境保護部常務會議，審議並原則通過第一批國家生態文明建設示範市縣審核意見、各省（區、市）環保約束性指標計劃和《放射性廢物的分類》。環境保護部副部長黃潤秋、翟青、趙英民、劉華，中央紀委駐環境保護部紀檢組組長吳海英出席會議。環境保護部機關各部門主要負責同志參加會議。

　　環境保護部公佈第一批國家生態文明建設示範市縣名單。

　　環境保護部印發關於命名浙江省安吉縣等13個地區為第一批“綠水青山就是金山銀山”實踐創新基地的通知。

　　9月19日，環境保護部副部長趙英民在北京會見美國國會眾議院“美中工作小組”代表團一行。雙方就共同關心的問題交換意見。

　　環境保護部批准《重型柴油車、氣體燃料車排氣污染物車載測量方法及技術要求》為國家環境保護標準，自2017年10月1日起實施。

　　9月20日，環境保護部公佈《湖(庫)富營養化防治技術政策》。

　　9月21日，中辦、國辦對外公佈《關於深化環境監測改革提高環境監測數據品質的意見》。

　　環境保護部在浙江省安吉縣召開全國生態文明建設現場推進會。環境保護部部長李幹傑、浙江省省長袁家軍出席會議併發表講話。會議期間，李幹傑開展實踐 “綠水青山就是金山銀山”、“美麗鄉村”建設等調研並考察杭州九峰垃圾焚燒發電項目。環境保護部副部長黃潤秋主持會議並參加調研。浙江省副省長熊建平出席會議並陪同調研。全國各省、自治區、直轄市環境保護廳（局），新疆生産建設兵團環境保護局負責同志，環境保護機關相關司局、直屬單位負責同志等參加會議。

　　9月23日至29日，《關於汞的水俁公約》第一次締約方大會在瑞士日內瓦召開。環境保護部副部長翟青率團出席會議並致辭。

　　9月25日，環境保護部和農業部聯合公佈《農用地土壤環境管理辦法（試行）》，自2017年11月1日起施行。

　　9月25日至27日，第二次全國污染源普查工作培訓班在北京舉行，環境保護部副部長翟青出席培訓班並講話。

　　9月26日，環境保護部黨校2017年秋季學期處級幹部進修班在北京舉辦。環境保護部副部長翟青出席開學典禮並講話。

　　9月28日，環境保護部在北京召開部分省份冬季重污染天氣應對工作座談會。環境保護部部長李幹傑主持會議並講話。遼寧、吉林、黑龍江、四川、陜西省人民政府和環境保護廳負責同志，環境保護部相關司局、直屬單位主要負責同志參加會議。

　　9月29日，環境保護部批准《排污許可證申請與核發技術規範 制藥工業-原料藥製造》《排污許可證申請與核發技術規範 製革及毛皮加工工業-製革工業》《排污許可證申請與核發技術規範 農副食品加工工業-制糖工業》《排污許可證申請與核發技術規範 紡織印染工業》《排污許可證申請與核發技術規範 農藥製造工業》為國家環境保護標準，自發佈之日起實施。

　　9月30日，環境保護部部長李幹傑深夜赴北京市新發地農産品批發市場和琉璃河綜合檢查站，檢查北京市對高排放柴油車輛污染管控工作開展情況。

　　環境保護部批准《排污許可證申請與核發技術規範 有色金屬工業-鉛鋅冶煉》《排污許可證申請與核發技術規範 有色金屬工業-鋁冶煉》《排污許可證申請與核發技術規範 有色金屬工業-銅冶煉》和《排污許可證申請與核發技術規範 化肥工業-氮肥》為國家環境保護標準，自發佈之日起實施。