（一）主要職責

　　負責從源頭準入到污染物排放許可控制預防環境污染和生態破壞。擬訂並組織實施政策、規劃與建設項目環境影響評價和排污許可相關法律、行政法規、部門規章、標準及規範。組織開展區域空間生態環境影響評價。組織編制和實施“三線一單”。組織審查規劃環境影響評價文件。按許可權審批涉核與輻射、海岸及海洋工程以外建設項目環境影響評價文件。指導實施建設項目環境影響登記備案。開展建設項目環境影響評價文件的技術復核。組織開展建設項目環境影響後評價。承擔排污許可綜合協調和管理工作。指導協調新建項目環境社會風險防範化解。

　　（二）內設機構

　　根據上述職責，內設5個機構。

　　1.綜合處。承擔司內文電等綜合性事務和綜合協調工作，承擔綜合性及建設項目環境影響評價、排污許可相關法規、規章、標準和規範擬訂及組織實施工作，承擔登記備案指導、技術復核、風險防範化解等相關工作。

　　2.區域與規劃環境影響評價處（簡稱規劃環評處）。承擔政策、區域、規劃環境影響評價法規、規章、標準和規範擬訂及組織實施工作，承擔政策、區域和綜合性規劃環境影響評價、“三線一單”等工作。

　　3.環境影響評價與固定污染源排污許可一處（簡稱環評與排污許可一處）。組織審查火電、冶金、有色、建材等行業專項規劃環境影響評價文件，審批以大氣污染影響為主行業的建設項目環境影響評價文件並組織開展後評價，組織實施以大氣污染影響為主行業的固定污染源排污許可。

　　4.環境影響評價與固定污染源排污許可二處（簡稱環評與排污許可二處）。組織審查化工、石化、造紙、紡織等行業專項規劃環境影響評價文件，審批以水污染影響為主行業的建設項目環境影響評價文件並組織開展後評價，組織實施以水污染影響為主行業的固定污染源排污許可。

　　5.資源開發與基礎設施環境影響評價處（簡稱生態環評處）。組織審查農林、水利、水電、交通、礦産、旅遊等行業專項規劃環境影響評價文件，審批資源、能源開發和基礎設施等以生態影響為主行業的建設項目環境影響評價文件並組織開展後評價。