（一）主要職責

　　負責全國地表水生態環境監管工作，擬訂和監督實施國家重點流域生態環境規劃，建立和組織實施跨省（國）界水體斷面水質考核制度，監督管理飲用水水源地生態環境保護工作，指導入河排污口設置。

　　（二）內設機構

　　綜合處、重點流域生態環境監督管理一處、重點流域生態環境監督管理二處、重點流域生態環境監督管理三處、飲用水水源與重大工程水質保障處