(一)主要職責
負責全國土壤、地下水等污染防治和生態保護的監督管理。擬訂和組織實施相關政策、規劃、法律、行政法規、部門規章、標準及規範。監督防止地下水污染。組織指導農村生態環境保護和農村生態環境綜合整治工作。監督指導農業面源污染治理工作。
(二)內設機構
根據上述職責,內設5個機構。
1.綜合處。承擔司內文電等綜合性事務和綜合協調工作。
2.建設用地土壤生態環境處(簡稱建設用地處)。承擔污染地塊和騰退地塊土壤及地下水污染防治監督管理、土壤污染防治綜合性工作,開展土壤污染狀況詳查工作。
3.農用地土壤生態環境處(簡稱農用地處)。承擔農用地土壤污染防治和生態保護監督管理工作,監督指導農業面源污染治理,監督協調有機食品發展。
4.農村生態環境處(簡稱農村處)。組織指導農村生態環境綜合整治,承擔農村生態環境保護監督管理綜合性工作。
5.地下水生態環境處(簡稱地下水處)。承擔在産企業土壤及地下水污染防治監督管理,承擔地下水污染防治和生態保護監督管理綜合性工作。