（一）主要職責

　　負責全國土壤、地下水等污染防治和生態保護的監督管理。擬訂和組織實施相關政策、規劃、法律、行政法規、部門規章、標準及規範。監督防止地下水污染。組織指導農村生態環境保護和農村生態環境綜合整治工作。監督指導農業面源污染治理工作。 

　　（二）內設機構

　　根據上述職責，內設5個機構。

　　1.綜合處。承擔司內文電等綜合性事務和綜合協調工作。

　　2.建設用地土壤生態環境處（簡稱建設用地處）。承擔污染地塊和騰退地塊土壤及地下水污染防治監督管理、土壤污染防治綜合性工作，開展土壤污染狀況詳查工作。

　　3.農用地土壤生態環境處（簡稱農用地處）。承擔農用地土壤污染防治和生態保護監督管理工作，監督指導農業面源污染治理，監督協調有機食品發展。

　　4.農村生態環境處（簡稱農村處）。組織指導農村生態環境綜合整治，承擔農村生態環境保護監督管理綜合性工作。

　　5.地下水生態環境處（簡稱地下水處）。承擔在産企業土壤及地下水污染防治監督管理，承擔地下水污染防治和生態保護監督管理綜合性工作。